ในการดำเนินการปลูกและฟื้นฟูป่าชายเลนไม่ใช่สิ่งที่ทำได้ง่าย โดยมีการลงทุนมหาศาลอีกทั้งต้องการเทคนิคในการปลูกและฟื้นฟู โดยเฉพาะ ปัญหาอยู่ที่การกำหนดสภาพเดิมของป่าชายเลนก่อนมีการเปลี่ยนแปลง โดยเฉพาะลักษณะเฉพาะของป่าชายเลนนั้นๆ และความหลากหลายทางชีวภาพ เป็นต้น ปัญหาที่ตามมา คือ
1. ไม่สามารถบอกได้ถึงการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมที่เกิดขึ้นแล้ว และกำลังดำเนินต่อไป
2. การขาดความเข้าใจในความแปรปรวนตามธรรมชาติที่เกิดขึ้นในระบบนิเวศ
3. การขาดความความรู้ในเรื่องการฟื้นฟูระบบนิเวศ และกระบวนการที่เกี่ยวข้อง
4. การลงทุนที่สูงมาก
แต่อย่างไรก็ตามยังสามารถดำเนินการได้ โดยควรมีวัตถุประสงค์ที่แน่นอนในการปลูกและฟื้นฟูป่าชายเลน กิจกรรมการฟื้นฟูอาจทำได้ 4 วิธี คือ
1. การลดปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม เช่น การลดการตัดไม้ทำลายป่า
2. การเติมวัสดุลงไป (พืช สัตว์ ปุ๋ย หรือการปรับสภาพดิน)
3. การเร่งหรือการลดกระบวนการในระบบนิเวศ เช่น การเร่งการเกิดลูกไม้ตามธรรมชาติ
4. การเปลี่ยนแปลงสภาพพื้นที่ เช่น การทลายคันดินกั้นน้ำ เป็นต้น
การฟื้นฟูสภาพป่าชายเลน ควรได้รับความร่วมมือจากนักวิชาการหลายสาขาวิชา ในการหาวิธีที่เหมาะสมที่ใช้ในการปลก และฟื้นฟูสภาพป่าชายเลนในแต่ละพื้นที่ และควรมีการประเมินผลของการปลูก และฟื้นฟูป่าชายเลนในแต่ละพื้นที่ว่าเป็นไปตามวัตถุประสงค์หรือไม่ ซึ่งควรดำเนินการศึกษาทั้งด้านวิทยาศาสตร์และสังคมศาสตร์ด้วย นอกจากนี้ควรมีการประเมินค่าการลงทุนด้วย เช่น ค่าใช้จ่ายในการเตรียมกล้าไม้ การปลูกทดแทนตลอดจนค่าปรับพื้นที่และการบำรุงรักษาด้วย ควรมีการประเมินผลผลิตที่ได้จากพรรณไม้ และการประมงด้วยว่าได้คุ้มค่ากับการลงทุนหรือไม่ ในแง่เศรษฐกิจนอกเหนือจากการประเมินทางด้านนิเวศวิทยา หรือการอนุรักษ์ทรัพยากรป่าชายเลน
